คัมภีร์พระวิสุทธิมรรคนี้ พระพุทธโฆษาจารย์เจ้าผู้รจนาตกแต่งพระคัมภีร์ ได้นำพระคาถาพระพุทธฎีกาซึ่งมีคำว่า
สีเล ปติฏาย นโร สปญฺโญ จิตตํ ปญฺญญฺเจ ภาวยํ อาตาปี นิปโก ภิกฺขุ โส อิมํ วิชฏเย ชฏนฺติ ดังนี้
อันพระธรรมสังคาหกาจารย์ ผู้เป็นพระอรหันต์ผู้วิเศษทั้งหลายผู้รวบรวมร้อยกรองพระไตรปิฎก ตั้งแต่กระทำสังคายนามาในปฐมสังคีติกาล ได้ยกขึ้นตั้งไว้ในชฏาสูตรที่ ๓ ตติยวรรค ซึ่งเป็นวรรคคำรบ ๓ หมวดเทวดาสังยัตต์ ในคัมภีร์สังยุตตนิกายสคาถวรรคฝ่ายพระสุตตันตปิฎกมาตั้งลงเป็นหลักสูตร ในเบื้องต้นคัมภีร์พระวิสุทธิมรรคขั้นต้นนี้แล้ว สังวรรณนาอรรถกถาพระวิสุทธิมรรคตามนัยแห่งคาถาพระพุทธฎีกานี้โดยพิสดาร
แต่พระผู้เป็นเจ้าไม่ได้ประพันธ์ปณามคาถา นมัสการพระรัตนตรัยขึ้นใหม่ไว้ในต้นคัมภีร์เหมือนอย่างคัมภีร์อื่น ๆ พระผู้เป็นเจ้านำบาลีปณามเิดิมว่า นโม ตสฺส ฯลฯ ดังนี้มาตั้งไว้ในพระคัมภีร์บาลีปณามเดิมนี้ สำหรับนมัสการพระรัตนตรัย ใช้เริ่มต้นในสถานต่าง ๆ ซึ่งเป็นธรรมเนียมสืบมาในพระพุทธศาสนาแต่สมัยพุทธกาลช้านาน
ข้อนี้ นักปราชญ์ในภายหลังอนุมานเห็นว่าพระพุทธโฆษาจารย์เจ้าไม่นิพนธ์ปณามคาถาขึ้นใหม่ไว้ในต้นคัมภีร์นี้ เพราะพระผู้เป็นเจ้าเป็นอติธัมมครุ ผู้เคารพยิ่งนักต่อพระสัทธรรมของสมเด็จพระผู้มีพระภาค หวังในคาถาพระพุทธฎีกา ที่องค์สมเด็จพระบรมศาสดาตรัสเทศนาว่าด้วยศีลสมาธิปัญญา เป็นอรรถสารบริบูรณ์ในพระคาถาบทเดียวเท่านี้ เชิดชูปรากฏอยู่ในเบื้องต้นพระคัมภีร์ไม่ให้มีสำนวนคาถาของตนอยู่เบื้องต้นปกคลุมสำนวนคาถาพระพุทธฎีกาไปดังนั้น
และพระผู้เป็นเจ้าเห็นสมควรยิ่งนัก ที่จะแสดงคำนมัสการพระรัตนตรัยด้วยพระบาลีปณามเดิมว่า นโม ตสฺส เป็นต้น ไว้ในเบื้องต้นคัมภีร์พระวิสุทธิมรรคนี้
แต่นอกนั้น พระผู้เป็นเจ้าได้นิพนธ์คาถาแก้ไขข้อธรรมต่าง ๆ เป็นอรรถกถา ตามนัยแห่งพระพุทธฎีกา ในคัมภีร์พระวิสุทธิมรรคทั้งสองบั้นนี้มีอเนกประการ
และในคัมภีร์อื่น ๆ นั้น พระผู้เป็นเจ้าได้นิพนธ์ปณามคาถาไว้ต้นคัมภีร์ก็มีเป็นอเนกวิธาน มีคัมภีร์พระปฐมสมันตปาสาทิกาอรรถกถาพระวินัย ฝ่ายพระวินัยปิฎก และคัมภีร์พระธรรมปทัฏฐกถา ในขุททกนิกาย ฝ่ายพระสุตตันตปิฎกเป็นต้น
เพราะฉะนั้น ฉบับบาลีคัมภีร์พระวิสุทธิมรรคซึ่งสืบ ๆ กันมาในประเทศสยามจึงมีแต่บาลีปณามเดิมว่า นโม ฯลฯ อยู่เบื้องต้นพระคัมภีร์โดยมาก ไม่พบฉบับที่มีปณามคาถาในที่แห่งหนึ่งแห่งใดเลยบัณฑิตควรพิจารณาในเหตุนี้
ในบาลีปณามเดิมว่า นโม ตสฺส ภควโต อรหโต สมฺมา สมฺพุทธสฺส นั้น ประกอบบทแปลตามโบราณจารย์ว่า โย ภควา สมเด็จพระผู้มีพระภาคพระองค์ใด อุปฺปนฺโน โลเก บังเกิดขึ้นแล้วในโลก นโม ข้าพระองค์ขอนอบน้อมถวายนมัสการ อตฺถุ ขอจงมี ตสฺส ภควโต แต่องค์พระผู้ทรงพระภาคพระองค์นั้นผู้บริบูรณ์ ด้วยพระบารมีธรรม และทรงจำแนกแล้ว คือพระสัทธรรมให้แก่เวไนยสัตว์ อรหโต พระองค์เป็นผู้ไกลจากกิเลส สมควรจะรับซึ่งเครื่้องสักการบูชาพิเศษของเทพามนุษย์ทั้งปวง สมฺมา สมฺพุทฺธสฺส ตรัสรู้ด้วยพระองค์เอง โดยอาการอันชอบ มิได้วิปริต เนื้อความดังนี้
อนึ่ง คัมภีร์พระวิสุทธิมรรคบางฉบับ บูรพาจารย์เติมบาลีสังเขปปณามว่า นมตฺถุ รตนตฺตยสฺส ซึ่งแปลว่า นโม อตฺถุ ขอความนอบน้อมนมัสการ ของพระองค์จงมี รตนติตยสฺส แก่ประชุมสามแห่งพระรัตนะ ดังนี้
